Στην Αρχή Προσφυγών λειτουργούν είκοσι μία (21) Ανεξάρτητες Επιτροπές Προσφυγών, αποτελούμενες από τρεις Δικαστικούς Λειτουργούς των Τακτικών Διοικητικών Δικαστηρίων που υποδεικνύονται, κατόπιν σχετικής αίτησής τους, από τον Γενικό Επίτροπο της Γενικής Επιτροπείας των Τακτικών Διοικητικών Δικαστηρίων. Τα μέλη των Επιτροπών συνεδριάζουν υπό τριμελή και μονομελή σύνθεση και απολαμβάνουν προσωπικής και λειτουργικής ανεξαρτησίας. Η θητεία τους είναι τριετής και μπορεί να ανανεωθεί μία φορά.

Οι Ανεξάρτητες Επιτροπές Προσφυγών υποστηρίζονται στο έργο τους από βοηθούς εισηγητές (rapporteurs), οι οποίοι συντάσσουν έκθεση που περιέχει καταγραφή και επεξεργασία του πραγματικού της υπόθεσης της προσφυγής και των προβαλλόμενων με την προσφυγή ισχυρισμών, καθώς και αντιστοίχιση αυτών με τις πληροφορίες για τη χώρα καταγωγής. Η έκθεση τίθεται στη δικαιοδοτική κρίση των Επιτροπών.

Η λειτουργία της Αρχής Προσφυγών και ιδίως των Ανεξάρτητων Επιτροπών Προσφυγών ρυθμίζεται από τον Κανονισμό Λειτουργίας της Αρχής Προσφυγών.

Στην Αρχή Προσφυγών προΐσταται Διοικητικός Διευθυντής της Κεντρικής Διοικητικής Υπηρεσίας σύμφωνα με τα άρθρα 27 και 36 του Ν. 4825/2021.

Από τις 16 Σεπτεμβρίου 2018 μέχρι σήμερα, η Μαρία Φωκιανού είναι η Διοικητική Διευθύντρια της Αρχής Προσφυγών με θητεία.