Έχοντας ως γνώμονα τη διασφάλιση αξιοπρεπών συνθηκών διαβίωσης του διαμένοντος πληθυσμού αλλά και την ορθή υλοποίηση των απαραίτητων διαδικασιών υποδοχής και  ταυτοποίησης, η νέα κλειστή ελεγχόμενη δομή Σάμου δημιουργήθηκε με υποδομές που σχεδιάστηκαν για να ανταποκριθούν σε όλες τις ανάγκες των διαμενόντων-φιλοξενούμενων πολιτών τρίτων χωρών.

Συνοπτικά, οι επιχειρησιακές καινοτομίες οργάνωσης της δομής, οι οποίες επιτρέπουν την ασφαλή διαμονή των ωφελούμενων αλλά και του απασχολούμενου προσωπικού είναι:

Η οργάνωση δομής σε γειτονιές/ διακριτούς χώρους.

Διακριτοί χώροι φιλοξενίας / γειτονιές για ευάλωτες ομάδες πληθυσμού όπως ασυνόδευτα ανήλικα/ μονογονεϊκές οικογένειες, αλλά και χώρος φιλοξενίας γενικού πληθυσμού, νέων αφίξεων και χώρος καραντίνας.

Στην ΚΕΔ Σάμου έχουν δημιουργηθεί : 

• Χώροι εστιατορίων με πρόσθετη χρήση ως  χώροι κοινόχρηστων δραστηριοτήτων και χώροι διανομής μη εδώδιμων αγαθών
• Χώροι άθλησης
• Χώροι αναψυχής – παιδικές χαρές
• Κοινόχρηστα πλυντήρια
• Κοινόχρηστες κουζίνες
• Κυλικεία για κάλυψη αναγκών
• Πολλαπλοί χώροι διοίκησης και στέγασης υπηρεσιών όπως ιατρεία, σχολικές αίθουσες και γραφείο ψυχοκοινωνικών και νομικών υπηρεσιών.
• Χώροι πρασίνου καλύπτουν το 25% των συνολικών χώρων της δομής, ενώ όλοι οι εσωτερικοί χώροι είναι κλιματιζόμενοι (διαμονής και διοίκησης)
• Σύστημα ανακύκλωσης των αρδεύσιμων υδάτων που προκύπτουν από την τριτοβάθμια επεξεργασία των λυμάτων, είτε προκειμένου να χρησιμοποιηθούν για τις τουαλέτες, είτε για την άρδευση της δομής και των περιβαλλόντων  αναδασωτέων εκτάσεων
• Επαρκές σύστημα πυρόσβεσης

Στην ΚΕΔ Σάμου λειτουργεί στην Περιοχή Α’ Κέντρο Υποδοχής και Ταυτοποίησης ενώ στις λοιπές Περιοχές λειτουργούν Δομές Φιλοξενίας Γενικού Πληθυσμού, Μονογονεϊκών Οικογενειών, Ασυνόδευτων Ανηλίκων καθώς και ΠΡΟΚΕΚΑ (ΕΛ.ΑΣ.).

Οι χώροι διαμονής αναπτύσσονται σε 14.250 τ.μ. και διαιρούνται σε διακριτές ζώνες, ενώ αποτελούνται από 240 οικίσκους των 25 τ.μ. έκαστος με χωρητικότητα 4 άτομα ανά οικίσκο, 7 ισόγεια κτίρια διαμονής των 500 τ.μ. με χωρητικότητα 120 άτομα ανά κτήριο και 2 των 400 τ.μ. έκαστο με χωρητικότητα 120 άτομα ανά κτήριο. Η τοποθέτηση των αιτούντων άσυλο θα γίνεται βάσει εθνοτικών και κοινωνικών κριτηρίων (οικογένειες, άτομα με κινητικές αναπηρίες, σοβαρά προβλήματα υγείας, έγκυες),

Στη δομή στη Σάμο επιπλέον, περιλαμβάνονται: 

• Χώρος Διαμονής ΠΡΟΚΕΚΑ (8 ισόγεια κτίρια διαμονής των 500 τ.μ. έκαστο, συνολικής δυναμικότητας 960 ατόμων),
• Χώρος καραντίνας covid-19 (37 οικίσκοι των 25 τ.μ. έκαστος),
• Υγειονομικοί χώροι (4 οικίσκοι και 3 ισόγεια κτίρια συνολικής επιφάνειας 760 τ.μ.),
• Χώροι διοίκησης (39 οικίσκοι και 18 ισόγεια κτίρια, συνολικής επιφάνειας 3.600 τ.μ.),
• Χώροι δημιουργικής απασχόλησης (17 οικίσκοι, συνολικής επιφάνειας 850 τ.μ.),
• Αίθουσα υπολογιστών (1 οικίσκος 50 τ.μ.),
• Εστιατόρια (8 ισόγεια κτίρια, συνολικής επιφάνειας 2.600 τ.μ.)
• Χώροι Διανομής Φαγητού (4 οικίσκοι των 25 τ.μ. έκαστος),
• Χώροι διανομής NFIs (6 οικίσκοι των 25 τ.μ. έκαστος),
• Χώροι καταστημάτων (16 οικίσκοι των 25 τ.μ. έκαστος), των οποίων η άδεια χρήσης θα δίδεται είτε από τον οικείο Δήμο είτε από το Υπουργείο Μετανάστευσης και Ασύλου
• Χώροι πλυντηρίων [οκτώ (8) οικίσκοι στους χώρους φιλοξενίας της ΚΕΔ και δύο (2) οικίσκοι πλυντηρίων στην Περιοχή Α’ – ΚΥΤ]
• Χώροι πολιτισμικών δραστηριοτήτων/ χώρος λατρείας 
• Χώροι εκδηλώσεων (2 ισόγεια κτίρια, συνολικής επιφάνειας 250 τ.μ.)
• 3 παιδικές χαρές,
• 7 γήπεδα,
• Χώροι στάθμευσης.