Η Υπηρεσία Υποδοχής και Ταυτοποίησης (ΥΠ.Υ.Τ.) εφαρμόζει διαδικασίες που περιλαμβάνουν: την καταγραφή, την ταυτοποίηση (εξακρίβωση της ταυτότητας και ιθαγένειας), τον ιατρικό έλεγχο και την ψυχοκοινωνική υποστήριξη καθώς και την υπεύθυνη ενημέρωση των υπηκόων τρίτων χωρών σε σχέση με τα δικαιώματα και τις υποχρεώσεις τους. Οι υπήκοοι τρίτων χωρών που επιθυμούν να υποβάλουν αίτηση διεθνούς προστασίας παραπέμπονται σε κλιμάκιο της Υπηρεσίας Ασύλου ή στην αρμόδια Περιφερειακή Υπηρεσία Ασύλου.

Κατά τη διάρκεια των διαδικασιών υποδοχής και ταυτοποίησης οι υπήκοοι τρίτων χωρών διαμένουν σε Κέντρα Υποδοχής και Ταυτοποίησης (Κ.Υ.Τ.) ή σε Δομές. Μετά την ολοκλήρωση των διαδικασιών υποδοχής και ταυτοποίησης, ανάλογα με την περίπτωσή τους, μπορεί να υπαχθούν  σε διαδικασίες επανεισδοχής ή επιστροφής ή απέλασης, να κρατηθούν σε Κλειστά Κέντρα Υποδοχής ή να μεταφερθούν σε Δομές Φιλοξενίας στην ενδοχώρα.

Η ΥΠ.Υ.Τ. μεριμνά, σύμφωνα με το θεσμικό πλαίσιο (άρθρο 39 παρ. 8 Νόμου 4636/2019), ώστε οι υπήκοοι τρίτων χωρών σε όλη τη διάρκεια των διαδικασιών υποδοχής και ταυτοποίησης να έχουν αξιοπρεπείς συνθήκες διαβίωσης, να διατηρούν την οικογενειακή τους ενότητα, να έχουν πρόσβαση σε άμεση υγειονομική περίθαλψη και κάθε απαραίτητη θεραπευτική αγωγή ή ψυχοκοινωνική στήριξη, να τυγχάνουν, εφόσον ανήκουν σε ευάλωτες ομάδες, της κατάλληλης μεταχείρισης, ιδίως οι ασυνόδευτοι ανήλικοι και άτομα με αναπηρία, να έχουν πρόσβαση σε  νομική καθοδήγηση/συμβουλή, να διατηρούν επαφή με φορείς και οργανώσεις της κοινωνίας των πολιτών που δραστηριοποιούνται στον τομέα της μετανάστευσης και των δικαιωμάτων του ανθρώπου και να έχουν δικαίωμα επικοινωνίας με τους συγγενείς και τα οικεία τους πρόσωπα.

Η Υπηρεσία Υποδοχής και Ταυτοποίησης συνεργάζεται με Ευρωπαϊκούς και Διεθνείς Οργανισμούς οι οποίοι δραστηριοποιούνται στον χώρο της διαχείρισης των μεταναστευτικών ροών. Ειδικότερα:

• Με την Ύπατη Αρμοστεία Ο.Η.Ε. για τους πρόσφυγες
• Με τον Διεθνή Οργανισμό Μετανάστευσης (Δ.Ο.Μ.)
• Με τη διακυβερνητική οργάνωση Intergovernmental Consultations on Migration, Asylum and Refugees (IGC)
• Με την Ευρωπαϊκή Υπηρεσία Υποστήριξης για το Άσυλο (European Asylum Support Office – EASO).

Η Υπηρεσία Υποδοχής και Ταυτοποίησης συνεργάζεται με Μη Κυβερνητικές Οργανώσεις οι οποίες πληρούν τις κατάλληλες προδιαγραφές για εγγραφή στο αντίστοιχο μητρώο.