Η ΥΠ.Υ.Τ. συγκροτείται από την Κεντρική Υπηρεσία και τις Περιφερειακές Υπηρεσίες Υποδοχής. Η Κεντρική Υπηρεσία με έδρα την Αθήνα, έχει την ευθύνη του προγραμματισμού, του σχεδιασμού και του συντονισμού των δράσεων που λαμβάνουν χώρα στις Περιφερειακές Υπηρεσίες, διασφαλίζοντας την απρόσκοπτη άσκηση των αρμοδιοτήτων τους.

Η Κεντρική Υπηρεσία είναι υπεύθυνη για την εξασφάλιση των αναγκαίων όρων προκειμένου να υλοποιηθεί το έργο των Περιφερειακών Υπηρεσιών. Πέραν του σχεδιασμού, φέρει την ευθύνη της διεξαγωγής εποπτείας αναφορικά με τις προκρινόμενες προς υλοποίηση ενέργειες οι οποίες ευθυγραμμίζονται τόσο με το Εθνικό Σχέδιο Δράσης (εθνική στρατηγική) όσο και με τις διεθνείς δεσμεύσεις της χώρας μας. Η Κεντρική Υπηρεσία αναπτύσσει συνεργασία με Ευρωπαϊκούς και Διεθνείς Οργανισμούς, ενώ συμμετέχει σε δράσεις και προγράμματα χρηματοδοτούμενα από την Ε.Ε. και από άλλους φορείς.