Εντός των ΚΕΔ λειτουργούν Κέντρο Υποδοχής και Ταυτοποίησης (ΚΥΤ), δομή προσωρινής φιλοξενίας καθώς και διακριτοί χώροι με τις κατάλληλες προδιαγραφές για την παραμονή υπηκόων τρίτων χωρών ή ανιθαγενών που ανήκουν σε ευάλωτες ομάδες. Ειδικότερα, σε περιπτώσεις ασυνόδευτων ανηλίκων παρέχεται φιλοξενία σε διακριτούς χώρους που λειτουργούν ως «ασφαλείς ζώνες» (Safe Area). Σε διακριτό χώρο εντός των ΚΕΔ μπορεί επίσης, να λειτουργεί Προαναχωρησιακό Κέντρο Κράτησης Αλλοδαπών (ΠΡΟ.ΚΕ.Κ.Α.), υπό τη διοίκηση της Ελληνικής Αστυνομίας.

Οι ΚΕΔ παρέχουν στέγαση και υλικές συνθήκες υποδοχής σε πολίτες τρίτων χωρών ή ανιθαγενείς: α) oι οποίοι εκφράζουν βούληση και υποβάλλουν αίτηση διεθνούς προστασίας στο έδαφος της ελληνικής επικράτειας, β) στα μέλη της οικογένειας των αιτούντων άσυλο, εφόσον καλύπτονται από αυτήν την αίτηση, σύμφωνα με το ελληνικό δίκαιο, γ) σε ανήλικους, ασυνόδευτους ή μη, καθώς και σε χωρισμένους ανήλικους, ανεξάρτητα από το εάν έχουν υποβάλλει αίτηση παροχής διεθνούς προστασίας, δ) που υπάγονται σε πρόγραμμα εθελούσιας επιστροφής, ε) που βρίσκονται σε διαδικασία επιστροφής ή των οποίων η απομάκρυνση έχει αναβληθεί, στ) σε δικαιούχους καθεστώτος διεθνούς προστασίας για όσο διάστημα επιτρέπεται η παραμονή τους στις ΚΕΔΝ (σύμφωνα με την παρ. 1 του άρθρου 109 του ν. 4939/2022 και των οικείων διατάξεων του Γενικού Κανονισμού Λειτουργίας των Κέντρων Υποδοχής και Ταυτοποίησης).

Οι υπήκοοι τρίτων χωρών ή ανιθαγενείς που εισέρχονται στο Κέντρο Υποδοχής και Ταυτοποίησης που λειτουργεί εντός της ΚΕΔ υπάγονται στις διαδικασίες υποδοχής και ταυτοποίησης. Με την ολοκλήρωση των παραπάνω διαδικασιών και για όσο διάστημα παραμένουν εντός των επιμέρους τμημάτων προσωρινής υποδοχής των ΚΕΔ και σε διακριτούς χώρους αυτών, οι πολίτες τρίτων χωρών ή ανιθαγενείς τελούν υπό καθεστώς ελεύθερης κυκλοφορίας (κατά τα οριζόμενα στο άρθρο 49 του ν. 4939/2022, υπό την επιφύλαξη των διατάξεων του άρθρου 50 ν. 4939/2022). Κυκλοφορούν ελεύθερα σε προκαθορισμένους χώρους προκειμένου να μην εμποδίζεται η εύρυθμη λειτουργία των ΚΕΔ.

Οι διαμένοντες απολαμβάνουν δικαίωμα εισόδου και εξόδου από τις ΚΕΔ κατά τις ώρες που ορίζονται σε απόφαση του Διοικητή της Υπηρεσίας Υποδοχής και Ταυτοποίησης, η οποία ισχύει ενιαία για το σύνολο των ΚΕΔ της Επικράτειας.

Κατά την είσοδο και έξοδο των παραμενόντων από τις ΚΕΔ, χρησιμοποιείται σύστημα ηλεκτρονικής κάρτας εισόδου-εξόδου παραμενόντων. Η τήρηση του ωραρίου εισόδου και εξόδου από την ΚΕΔ,  καθώς και η διανυκτέρευση εντός της δομής είναι υποχρεωτικές. Αδικαιολόγητος μη εντοπισμός του διαμένοντος κατά τη διαδικασία της τακτικής απογραφής-επαλήθευσης του τρέχοντος πληθυσμού επί δύο διαδοχικές φορές, και δύναται να επιφέρει διακοπή της διαμονής και των παρεχόμενων υλικών συνθηκών υποδοχής. Η παράβαση των υποχρεώσεων αυτών μπορεί να επιφέρει τον περιορισμό ή τη διακοπή των υλικών συνθηκών υποδοχής των αιτούντων άσυλο, σύμφωνα με το άρθρο 61 του ν.4939/2022.